Cuộc đời ba chìm bảy nổi của ông bắt đầu từ những ngày tham gia Vệ quốc đoàn khi kinh thành Huế rung chuyển những ngày đầu kháng Pháp. Khi cuộc kháng chiến chín năm thắng lợi, Phùng Quán trở thành một nhà văn quân đội, công tác tại Cơ quan Sinh hoạt văn nghệ quân đội thuộc Tổng cục Chính trị Quân đội nhân dân Việt Nam. Tác phẩm đầu tay "Vượt Côn Đảo" của Phùng Quán đã đánh dấu thành công bước đầu của một cây bút có tài, nhiều triển vọng. Thế nhưng cuộc đời ông đã sang ngã rẽ khác. Ba mươi năm trời ông chịu bao đắng cay gian khổ được ông tóm gọn trong 6 chữ - "cá trộm, rượu chịu, văn chui".
Những tưởng ông sẽ đem những hờn tủi của cuộc đời vào trang văn. Nhưng suốt ngần ấy năm, ông không oán trách, không vì khổ đau riêng mà "đốt cháy những cái mình tôn thờ và tôn thờ những gì mình từng đốt cháy". Mười năm sau ngày mang án Nhân văn, ông âm thầm thai nghén tác phẩm lớn nhất của cuộc đời- "Tuổi thơ dữ dội".
Hoàn thành năm 1986, trong suốt tám trăm trang ấy, người ta thấy ông ngợi ca tình yêu đất nước, ngợi ca cuộc chiến tranh vệ quốc vĩ đại, ngợi ca những người anh hùng, ngợi ca một thời vang bóng của cuộc đời mình. Không một mảy may vương vấn những nhỏ nhen trần thế, ông vẫn viết bằng lý tưởng đã nuôi dưỡng tâm hồn ông từ thuở ấu thơ; vẫn nuôi những ước mơ đẹp đến nao lòng...
Ước mơ ấy là của em Mừng - một em bé ngày ngày trèo lên những ngọn bút bút cao vòi vọi để hái lá tầm gửi chữa bệnh hen suyễn cho mẹ. Em trốn nhà vào Vệ quốc đoàn với một niềm tin "đánh đuổi hết tụi Tây cướp nước, giành được độc lập rồi thì ai ai cũng được sung sướng. Những người cực khổ như mạ em dù có mắc bệnh chi nặng mấy cũng được Chính phủ chữa cho lành... Em muốn theo các anh đánh Tây cho nước nhà được độc lập, để sau ni lỡ mạ em có mắc bệnh chi còn nặng hơn cả bệnh hen suyễn, cũng được Chính phủ chữa cho lành..."
Khi "Tuổi thơ dữ dội" được dựng thành phim, ông viết: “thì ra những gì thật sự chân thành, lương thiện, trong sạch và cao thượng đều có khả năng kỳ diệu tự mở lấy con đường đến thẳng trái tim các thế hệ, mà chẳng cần giảng giải, biện minh".
Cuộc đời không cho ông được trở thành một chú sơn ca của cách mạng, thậm chí có lúc người ta đã gắn vào ông cái tội "phản cách mạng". Nhưng ông vẫn viết, miệt mài viết trên những trang giấy lộn, dù những tác phẩm của ông muốn in ra được phải thay tên đổi họ, hay thậm chí chẳng bao giờ được in ra.
Ước nguyện thiêng liêng nhất của cuộc đời ông cuối cùng cũng thành hiện thực: "Rồi Đại hội Đảng lần thứ VI đã đến mở ra những hướng mới. Hội Nhà văn Việt Nam tuyên bố phục hồi hội tịch cho tôi". Năm 2007, ông được truy tặng Giải thưởng Nhà nước về văn học nghệ thuật.